海上、通海水域运输船舶承包合同是指船舶所有人将船舶交给承包人进行经营管理，由承包人交纳承包费的合同。该合同当事人因合同的订立、履行、变更和终止而产生的纠纷，即为海上、通海水域运输船舶承包合同纠纷。
运输船舶承包合同多存在于海上、通海水域运输中，主要是一些全民所有制企业或者国有企业将自己的船舶承包给其他人经营管理，从而获得一定的经济利益。
根据最高人民法院《关于适用<中华人民共和国海事诉讼特别程序法>若干问题的解释》和最高人民法院《关于海事法院受理案件范围的若干规定》的规定，海上、通海水域运输船舶承包合同纠纷由海事法院专门管辖，并根据《民事诉讼法》关于地域管辖的规定确定具有管辖权的海事法院。
处理海上、通海水域运输船舶承包合同纠纷的法律依据主要是《合同法》以及有关的司法解释、行政法规的规定。
《合同法》(1999年10月1日起施行）
第一百零七条 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百二十四条本法分则或者其他法律没有明文规定的合同，适用本法总则的规
定，并可以参照本法分则或者其他法律最相类似的规定。
《民事诉讼法》(1991年4月9日通过2012年8月31日第二次修正）
第二十三条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国海事诉讼特别程序法＞若干问题的解释》（法释〔2003〕 3号2003年2月1日起施行）
第一条在海上或者通海水域发生的与船舶或者运输、生产、作业相关的海事侵权纠纷、海商合同纠纷，以及法律或者相关司法解释规定的其他海事纠纷案件由海事法院及其上级人民法院专门管辖。
《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的若干规定》（法释[2001] 27号
年9月18日起施行）
《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》已于2000年7月1日起施行。根据《中华人民共和闰民事诉讼法》《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》《中华人民共和国行政诉讼法》以及我国参加和批准的有关国际公约，参照国际习惯做法，在总结我国海事审判实践经验的基础上，现将海事法院的收案范围规定如下：
18．沿海、通海水域的运输船舶的承包合同纠纷案件。
根据《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国海事诉讼特别程序法＞若干问题的解释》和《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的若干规定》的规定，因海上、通海水域运输船舶承包合同纠纷提起的诉讼，由海事法院专门管辖。同时，根据《民事诉讼法》的有关规定，海上、通海水域运输船舶承包合同纠纷引起的诉讼，应当由被告所在地或海上、通海水域运输船舶承包合同履行地的海事法院管辖。此外，根据《民事诉讼法》第34条的规定，在当事人协议管辖的情形下，应依据当事人的协议为依据确定管辖法院，即由原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地或标的物所在地的海事法院管辖。
我国《海商法》并未对海上、通海水域运输船舶承包合同纠纷作出专门规定，从法律属性上讲海上、通海水域运输船舶承包合同同时也属于承包合同的范畴，因此该类纠纷的处理可以参照《合同法》的相关规定。
