根据《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国海事诉讼特别程序法＞若于问题的解释》和《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的若于规定》的规定，因港口货物保管合同纠纷提起的诉讼，由海事法院专门管辖。同时，根据《民事诉讼法》中的相关规定，因港口货物保管合同纠纷提起的诉讼，应当由被告所在地或港口货物保管合同履行地的海事法院管辖。此外，根据《民事诉讼法》第34条的规定，在当事人协议管辖的情形下，应依据当事人的协议为依据确定管辖法院，即由原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地或标的物所在地的海事法院管辖。

  在适用本案由时，要注意仓储合同与保管合同的区别。仓储合同一定是有偿的，而保管合同可以分为无偿和有偿，保管合同与仓储合同属于包容与被包容的关系。由于仓储也属于保管行为，因此在港口货物保管合同纠纷中也应当包括港口货物仓储合同纠纷。