建设工程施工合同案件事实认定较为复杂，往往需要借助工程鉴定对工程造价、工期、质量、修复费用等予以确定。工程鉴定受各种因素制约，难以精准，当事人对鉴定结论的证据效力争议较大。

（一）要防止以鉴代审，慎重鉴定

如何利用司法鉴定认定事实，必须由法院行使审判权确定。人民法院根据建设工程施工合同案件审理需要进行司法鉴定的，要尊重合同中有关工程价款结算方法、标准的约定内容，严格执行工程造价、工程质量等鉴定程序的启动条件，尽量缩减鉴定的范围和次数。应严格把握鉴定的启动程序，避免多次重复鉴定，对于双方当事人对工程价款已经达成结算协议，又主张鉴定的，一般应不予支持。当事人对鉴定意见一部分提出异议且该异议经审查成立的，原则上仅针对该异议部分重新鉴定或补充鉴定，不应随意扩大鉴定范围。同时应当严格把握质量鉴定与重新鉴定启动的条件，不能使其成为拖延支付工程款的手段。

（二）关于质量鉴定

建设工程验收合格以后，或者没有竣工验收，但发包人擅自使用，发包人在诉讼中，请求对承包人所承建的工程质量进行鉴定的，一般不予支持。如果涉及到地基基础和主体结构的工程质量，只有在发包人对地基基础和主体结构的安全性提供重大缺陷的足够证据后，才可以启动鉴定。并且，鉴定范围应该严格限于对地基基础和主体结构的安全性是否符合规范进行鉴定。

（三）关于重新鉴定

当事人在提起诉讼前，共同委托的鉴定人已经对建设工程造价出具鉴定意见，诉讼中一方当事人申请重新鉴定的，不予准许。除非当事人有证据证明鉴定意见违反当事人有关鉴定程序、依据等有效约定，并对鉴定结果造成实质性影响，或者鉴定人无正当理由未出庭作证，不能通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决。