1.罪与非罪的界限 　　

有些商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构为了扩大业务，不向主管机关申报而擅自设立营业网点，增设分支机构，或者虽向主管机关申报，在主管机关未批准前就擅自设立分支机构进行营业活动，这些行为都是违法的，但是这种商业银行或者其他金融机构拉自设立分支机构的行为与拉自设立商业银行或者其他金融机构行为在性质上是不同的。因此，对商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构擅自设立分支机构的行为不能作为犯罪处理。

2.划清一罪与数罪的界限    

   行为人擅自设立金融机构的行力本身即构成擅自设立金融机构罪。如果又利用擅自设立的金融机构，进行了非法吸收公众存款的业务，或者进行集资诈骗，构成本节或者刑法规定的其他犯罪的．属于牵连犯罪，应当在已构成的数罪中，择一可能判处的刑罚最重的一罪定罪处罚，不能再仅以本罪追究行为人的刑事责任。