1、罪与非罪的界限
(1)要把强奸同通奸区别开来。通奸，是指有配偶的男女双方之间或者已有配偶的一方与他人之间，自愿发生不正当两性关系的行为。这种行为是不道德的，但同强奸罪有本质的区别，因为它没有违背妇女的意志。在司法实践中，有的妇女与人通奸，一旦翻脸，关系恶化，或者事情暴露后，怕丢面子，或者为了推卸责任，嫁祸于人，便谎称是“强奸”。因此，处理时要特别谨慎。一是对于半推半就情况下发生的两性关系，要对双方平时的关系如何，性行为是在什么环境和什么情况下发生的，事情发生后女方的态度 怎样，在什么情况下告发的等事实和情节，认真审查清楚，进行全面分析，以判明是否确实违背了妇女的意志，然后再确定案件的性质。如果没有证据证明确实违背妇女意志的，一般不宜按强奸罪论处；如果确实违背妇女意志的，则应以强奸罪论处；二是要注意案件性质的变化。如果第一次发生性行为，女方不同意，但事后并未告发，后来女方又多次自愿与男方发生性行为，有的还发展成恋爱关系或者通奸关系的，由于妇女的意志发生了变化，案件的性质也相应发生了变化，一般不宜以强奸罪论处；三是男女双方原来虽有通奸关系，但是女方由于某种原因已不同意继续保持不正当的两性关系，坚决拒绝男方的纠缠。在这种情况下，如果男方使用暴力或者败坏名誉等胁迫手段，强行与女方发生性行为的，则应以强奸罪论处；四是行为人强奸妇女后，以此为把柄挟制被害妇女，或者利用各种手段对被害妇女实施精神上的威胁，迫使其继续忍辱屈从的，仍应以强奸罪论处。
(2)要把利用特定关系和职权强奸妇女同基于互相利用发生性行为区别开来。对利用教养关系、从属关系，或者利用职权与妇女发生性行为的，不能一概视为强奸，要作其体分析。如果行为人利用其与被害妇女之间的特定的关系，如养父或者生父以打骂、虐待、克扣生活费或者断绝生活供给，迫使养女或者生女容忍其奸淫的；或者行为人利用职权，乘人之危,逼迫从奸的，都属于违背妇女意志，构成强奸罪。如果行为人利用招工、分房等职权相引诱、讲条件，女方为了牟取私利，不惜以肉体相许，而与其发生性行为的，实质上是互相利用，各有所图，不应定为强奸罪。
2、正确认定与女精神病患者发生性交行为的案件的性质
近几年来，司法机关受理的强奸案件中，受害者是精神病患者的逐渐增多。刑法对如何处理强奸精神病人的问题没有明文规定，因而在司法实践中认识颇不一致，影响正确定罪量刑。
我们认为，处理这类案件，女方是否确系精神病患者以及病情的轻重，行为人是否明知女方是精神病患者，是两个关键性的事实。因此,司法机关首先要对被害人进行司法精神病学鉴定，并通过法庭调查、辩论、质证，在查清事实的基础上，分别不同情况，认定案件的性质：
(1)行为人明知（包括明知必然和明知可能）妇女是不能正确表达自己意志的精神病患者而与之发生性行为的，不论行为人采取什么手段，被害人是否同意，有无反抗，均应祝为违背妇女意志，以强奸罪论处。
(2)行为人与患有间歇性精神病的妇女在她未发病期间发生的性行为，妇女本人同意的，不构成强奸罪。 ．
(3)行为人与尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病妇女，或者精神病已基本痊愈的妇女，在女方自愿情况下发生性行为的，不能以强奸罪论处。
(4)行为人确实不知道妇女是青春型精神病患者（俗称“花疯子”）,将女方的挑逗、追逐等病态反映，误认为是作风、品质不好，在女方的勾引下与之发生性行为的，一般不宜以强奸罪论处。
3、正确认定与女痴呆症患者发生性交行为的案件的性质
“痴呆”，即精神发育不全（又称智力发育不全），属于精神疾病的一种我国对精神发育不全患者，按照智能障碍的严重程度，大体分为三类，即：白痴，为重度智能缺损；痴愚，为中度智能缺损；愚鲁（鲁钝），为轻度智能缺损。前两类的共同特征是：不能正确表达意志，不能明辨是非，甚至生活不能自理。后一类（愚鲁）的特征是：理解、推理和判断事物的能力较差，不善于辨别是非，但有一定的意志能力，能独立自理生活，从事简单的劳动。
司法机关处理这类案件，首先要对被害人进行司法精神病学鉴定，并进行审核和调查，以确认被害人是否精神发育不全以及精神发育不全的程度，以便区别不同情况，正确认定案件性质：
(1)行为人明知妇女是不能真正表达自己意志的痴呆症患者(自痴或者痴愚），而非法与其发生性行为的，不论行为人采取什么手段，被害人是否同意，均视为违背妇女意志，应以强奸罪论处。
(2)行为人与轻度女痴呆症患者（愚鲁）谈恋爱期间，在女方自愿情况下发生性行为的，不应以犯罪论处。
(3)行为人确实不知道妇女是程度较轻的痴呆症患者，并在女方主动要求下与之发生性行为的，一般也不宜以犯罪论处。
4、认真研究、妥善处理奸淫幼女案件中出现的特殊问题
奸淫幼女是一种严重的犯罪，依照刑法规定，应坚决予以严惩。同时，又要看到目前这类案件出现的一些新情况、新问题。比如，奸淫幼女的罪犯大多是青少年，其中l8岁以下的未成年人占一半以上；被害幼女年龄大多在10周岁以上。因此，同不满14周岁的幼女发生性行为的，是否一律构成强奸罪，在刑法学界和司法实践中，有不同的认识。对此，最高人民法院、最高人民检察院、公安部于l984年在《关于当前办理强奸案件中具体应用法律的若干问题的解答》中规定：“在办理奸淫幼女案件中出现的特殊问题，要具体分析，并总结经验，求得正确处理。”
根据刑法和参照上述《解答》的规定，结合司法实践，对奸淫幼女案件中的以下几种情况，可以做出不同的处理。
(1) 已满14周岁不满16周岁的未成年人，与不满14周岁的幼女交往密切，双方自愿发生性行为的；或者因受某些不良影响,与幼女发生性行为，情节显著轻微，危害不大的，依照刑法第13条的规定,可不认定为犯罪，责成家长和学校严加管教。早在1957年4月30日,最高人民法院审判委员会通过的《1955年以来奸淫幼女案件检查总结》就曾经指出：对奸淫,“情节轻微的可以免予刑事处分；对年幼无知的男童,不应追究刑事责任，但应责令他的家长或者监护人加以管教。”2000年2月24 日，最高人民法院在《关于审理强奸案件有关问题的解释》中又明确规定,对于已满14周岁不满l6周岁的人，“与幼女发生性关系，情节轻微、尚未造成严重后果的，不认为是犯罪。”2006年1月Il日，最高人民法院在《关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中再次重申：“已满十四周岁不满十六周岁的人偶尔与幼女发生性行为，情节轻微、未造成严重后果的，不认为是犯罪。”
(2) 男青少年与染有淫乱习性（指主动地与多名男性发生两性关系)的幼女发生惟行为，节显著轻微，危害不大的，可不以犯罪论处，建议公安机关作其他处理。如有一个12岁的幼女，身高1.75米，体重140斤，生理发育早熟，体态相貌都似女青年。由于其母生活作风不好，本人又曾被犯罪分子强奸，后逐渐走向堕落，经常在外留宿，主动勾搭男青少年，谎称自己18岁甚至24岁。由于她身高体壮，使一些男青少年信以为真，真心实意与她“交朋友”。她经常在“交朋友”的幌子下，与男青少年乱搞两性关系。据幼女自己交代，她曾与30多人发生过两性关系，已查明的有27人，最大的33岁，最小的16岁。像这种情况，对行为人就不宜按强奸罪处理。为了防止染有淫乱习性的幼女进一步堕落和引诱他人犯罪，应责令其家长或者监护人严加管教，或者建议公安机关送工读学校教育。 ．
(3)未婚男青少年与发育较早、貌似成人、虚报年龄的不满14岁的幼女，在谈恋爱和交往过程中，或者在确实不知道幼女真实年龄的情况下，双方自愿发生性行为的，可不以强奸罪论处，但应严格掌握。最高人民法院早在《1955年以来奸淫幼女案件检查总结》中就曾指出：“至于个别幼女虽未满14周岁，但身心发育早熟，确系自愿与人发生性行为的，法院对放告人酌情从轻或减轻处理。如果男方年龄也很轻，双方确系在恋爱中自愿发生性行为的，则不追究刑事责任。”因为行为人主观上不具有奸淫幼女罪的故意，与青少年在恋爱过程中的越轨行为很相似。2003年1月24日，最高人民法院在《关于行为人不明知是不满14周岁的幼女双方自愿发生性关系是否构成强奸罪问题的批复》中明确指出：“行为人明知是不满十四周岁的幼女而与其发生性关系，不论幼女是否自愿，均应依照刑法第二百三十六条第二款的规定，以强奸罪定罪处罚；行为人确实不知对方是不满十四周岁的幼女，双方自愿发生性关系，未造成严重后果，情节显著轻微的，不认为是犯罪。”这一司法解释公布后，围绕奸淫幼女犯罪主观上是否应以“明知”为要件的问题，引发了一场争论。有的学者（法理学者）撰文，认为我国刑法第236条第2款关于“奸淫不满十四周岁幼女的，以强奸论”的规定，就是严责任的规定，不论行为人是否明知女方是不满14周岁的幼女，只要与其发生性关系，就构成强奸罪。我们认为，主客观相一致，是正确认定犯罪应当遵循的基本原则，奸淫幼女也不例外。就是说，奸淫幼女犯罪的构成，除了被奸淫的必须是不满14周岁的幼女这一客观要件外，还必须具有行为人明知（包括明知必然和明知可能）女方是不满14周岁的幼女这一主观要件，并利用其弱点，达到奸淫的目的，不管幼女是否自愿，均应以强奸罪定罪处罚。如果行为人确实不知道、也不可能知道对方是不满l4周岁的幼女，双方自愿发生性关系的，就不能以犯罪论处。严格责任是英美法等国家特有的一项法律制度。西方有的学者认为，严格责任的前提，是不管被告人多么小心，也不管他的道德多么无辜，只要出现了法律规定的行为和后果，就构成犯罪。但我国刑法总则第13条、第14条均规定，只有故意犯罪和过失犯罪的才负刑事责任。所以有的学者认为，我国实行的是“罪过责任”而不是“严格责任”制度。“对无过错的行为追究民事、行政法律责任在理论上已经没有障碍。但把严格责任引入事关剥夺公民自由等重大法益的刑事领域是违背主客观相统一原则的，有导致客观归罪的危险，也不符合刑法的人权保障原则，应坚决予以反对。”
5、《最高人民法院、最高人民检察院关于执行（中华人民共和国刑法）确定罪名的补充规定》，已经取消了《最高人民法院关于适用（中华人民共和国刑法）确定罪名的规定》中对刑法第236条第2款确定为“奸淫幼女罪”的罪名。理由见“绪论”部分，这里不再赘述。今后，对奸淫幼女构成犯罪的，应当一律定为强奸罪；对已满14周岁不满16周岁的人，与幼女发生性关系构成犯罪的，依照刑法第17条、第236条第2款的规定，也应以强奸罪定罪处罚。
6、轮奸不是单一的罪名。刑法第236条第3教第(4)项将“二人以上轮奸的”，作为情节严重的情形之一，可以处10年似上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。这说明，轮奸妇女和幼女属加重（结果加重）处罚的情节，而不是一个单一的罪名。在刑法学界，有一种观点认为，轮奸“有其独立的特征或特殊的构成要件”，“另立罪名比较合适”。这是不正确的。轮奸除其社会危害性比单独实施的强奸犯罪要大以外，其本身并不具有强奸罪构成要件以外的“特殊的构成要件”。因此，作为罪名，仍应定为强奸罪，而不能定为“轮奸妇女罪”、“轮奸幼女罪”或者“轮奸罪”。
7、先将被害妇女杀死，然后奸尸的，应按故意杀人罪处理；奸尸行为只能作为量刑时考虑的一个情节，不能定为故意杀人和强奸两个罪。强奸罪侵犯的客体是妇女的性的不可侵犯的权利。奸尸时，被害妇女已经死亡，客观上已不存在这样的侵害。
8、既遂与未遂的界限
我国司法实践中是以“插入”为认定标准的，即男子的生殖器插入到女子的体内为犯罪既遂。至于是否射精与既遂未遂无关。但有一个特例，如果强奸的是幼女，则以“接触”为认定标准，即男子的生殖器与幼女的生殖器接触就算犯罪既遂。