（一）划清罪与非罪的界限

构成资助危害国家安全犯罪活动罪，主观上必须是故意，即明知他人在进行背叛国家等危害国家安全的犯罪活动，而予以资助。如果不知道他人进行的是犯罪活动，更不知道进行的是危害国家安全的犯罪活动，而予以物质方面的资助的，不构成犯罪。

（二）划清本罪与其他犯罪的界限    

本罪有特定的资助对象，仅限于背叛国家罪，分裂国家罪，煽动分裂国家罪，武装叛乱、暴乱罪，颠覆国家政权罪，煽动颠覆国家政权罪。因此，如果资助其他危害国家安全的犯罪，如资助投敌叛变罪，叛逃罪，间谍罪，为境外窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密、情报罪等，不能构成资助危害国家安全犯罪活动罪，但并非不构成犯罪，而是构成上述犯罪的共犯，即帮助犯，应当根据刑法总则共同犯罪的规定，作为共犯处理。

（三）划清一罪与数罪的界限

   本罪是一个独立的罪名，不是选择性罪名。因此，尽管本罪可具体表现为对背叛国家的资助，对分裂国家的资助，对武装叛乱、暴乱的资助，对颠覆国家政权的资助，等等，也可能同时或者先后对这几种犯罪都予以资助，但在罪名上都只能定资助危害国家安全犯罪活动罪一个罪，既不能单独定资助背叛国家罪、资助分裂国家罪等，也不能因其同时或者先后实施了资助数种犯罪，就接数罪实行并罚，而仍应以一个资助危害国家安全犯罪活动罪论处。