（一)划清本罪与背叛国家罪的界限

叛逃罪表现为叛逃境外或在境外叛逃，也具有背叛祖国的性质，但是叛逃罪与背叛国家罪有很大的区别，主要表现在：第一，犯罪主体不同。本罪的主体必须是国家机关工作人员；而背叛国家罪的主体只要是跨国公民即可。第二，在客观方面有所不同。本罪的客观行为表现为在履行公务期间叛逃境外或者在境外叛逃，危害中华人民共和国国家安全和行为；而背叛国家罪则表现为勾结外国，危害中华人民共和国的主权、领土完整和安全的行为。

（二）划清本罪与军人叛逃罪的界限

主体不同。一个是国家机关工作人员；一个是军人。

（三）划清本罪与偷越国（边）境的界限

犯罪目的不同，主体身份不同。犯叛逃罪与偷越国（边）境的，属于吸收犯。

（四）划清本罪与投敌叛变罪的界限

所谓投敌叛变罪，是指投奔敌人营垒并为其效劳，或者在被捕、被俘后，投降敌人的行为。投敌叛变罪、叛逃罪都具有背叛祖国的性质，但是二者却有本质的区别，主要表现在：第一，犯罪主体不同。本罪只能是国家机关工作人员；而投敌叛变罪的主体是中国公民。第二，在客观方面不同。本罪表现为在履行公务期间，叛逃境外或者在境外叛逃的行为；投敌叛变罪则表现为投奔敌人营垒或者投降敌人的行为。二者区别的关键是本罪只是叛逃到境外，却不是投靠敌人；而投敌叛变罪则主要是投靠敌人，并有变节行为，却不一定是投奔境外的敌人。