（1）划清罪与非罪的界限

1、行为人实施的间谍行为，必须是针对中华人民共和国，对国家安全造成危害的，否则，不构成间谍罪。本条对构成间谍罪的间谍行为作了限制性的规定，即行为人实施的间谍行为必须是危害我国国家安全的。行为人虽实施了间谍行为，若这种行为不具有危害我国国家安全性质的，则不能按间谍罪论处。例如，行为人虽参加了间谍组织，具有间谍身份，但该人参加间谍组织是为了针对其他国家，负有针对其他国家的间谍任务，而并不是针对危害中华人民共和国国家安全而参加间谍组织的，对这种人就不能按间谍罪予以追究。

在实践中，对接受间谍组织及其代理人的任务的和为敌人指示轰击目标的间谍行为是否具有危害我国国家安全的性质较好认定，而对参加间谍组织的间谍行为是否具有危害我国安全则较难把握。只要查明行为人参加间谍组织所针对的目标是什么，就可判断行为人的行为是否危害了我国国家安全。若行为人的目标是针对我国而参加间谍组织的，就可认为是对我国国家安全造成了危害。因为，国家安全的危害，并不需要具有物质性的损害结果，国家安全受到危害在行为人参加间谍组织时就一并存在。

2、要把参加间谍组织的间谍分子同这些组织中的非间谍分子加以区别。所谓非间谍分子，是指间谍组织中未履行参加间谍组织的手续，也未进行间谍活动的工程技术、一般勤杂、医务、传达、庶务等人员。这些人员虽然也来我国旅游、探亲、学术交流、经贸洽谈等，但没有进行间谍活动的，不能按间谍罪予以追究。

（2）划清本罪与背叛国家罪的界限

间谍罪，既包括参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务，也包括为敌人指示轰击日标的行为。其中，为敌人指示轰击目标的行为也会危害国家的军事安全。但这种危害军事安全的行为与背叛国家罪中危害国家军事安全的行为不同。表现在：背叛国家罪中的危害国家的军事安全主要是勾结外国，发动对我国的武装侵略，挑起战争，危害是全局性的；而间谍罪中的为敌人指示轰击目标，是在战争期间或者战争状态下实施的，危害是局部性的。显然，勾结外国，发动对我国的武装侵略的危害性更大。此外，在犯罪主体上，背叛国家罪的主体一般是掌握国家较高权力有一定地位者，而间谍罪的主体则可以由任何普通公民构成。

（3）划清一罪与数罪的界限

行为人参加间谍组织，接受了间谍组织及其代理人任务后，又去实施所接受的任务，诸如，进行窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或进行如暗杀、放火、爆炸、投毒等破坏活动的行为(称其他犯罪，应如何处理了是以间谍一罪论处，还是按间谍罪与其他所犯的罪数罪并罚?对此，有不同意见。一种意见认为，行为人接受间谍组织及其代理人的任务而进行其他犯罪的;依法构成间谍罪与其他所实施的犯罪，予以并罚。理由是行为人所实施这些犯罪已超出了间谍罪的构成要件范围，应单独处罚，予以数罪并罚;另一种意见认为，对于接受间谍组织及其代理任务而进行其他犯罪的，只构成间谍罪，而不构成数罪给予并罚。理由是，接受任务的行为与完成任务的行为之间存在着内在的事实上的联系性。并且，要实施完成任务的行为的故意在行为人接受任务时一并客观存在。

我们认为，行为人参加间谍组织，接受间谍组织及其代理人的任务而进行其他犯罪的，在构成间谍罪的同时，又构成了其他所犯的罪，应予数罪并罚。