在实践中，证券登记、存管、结算纠纷主要有：

(1)证券登记纠纷，是指证券登记协议当事人之间因证券登记协议的订立、履行等发生的各种纠纷。表现为证券登记结算机构的工作人员违章操作、恶意修改系统数据等行为。

(2)证券存管纠纷，是指证券登记结算机构与证券公司之间因证券存管协议的订立。履行等发生的各种纠纷。

(3)证券结算纠纷，是指证券结算协议的当事人之间因协议的订立、履行等发生的各种纠纷，其中又表现为证券清算、交割、交收过程中的各种纠纷。