处理房地产开发经营合同纠纷的法律依据主要是《土地管理法》、《城市房地产管理法》、《城市房地产开发经营管理条例》以及最高人民法院《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三部分的相关规定。