因债权转让合同而发生的纠纷，并非是因原合同而发生的，自不应以原合同类型确定案由，故《规定》将债权转让合同纠纷作为一个独立的第三级案由。在确定案由时，需要注意区分当事人间发生争议的到底是哪份合同。如果在债权转让合同生效后，因原合同的履行发生纠纷诉至法院，则案件诉讼标的是原合同的权利义务关系，即应按原合同类型确定案由。如果债权转让合同生效后，因债权转让合同的履行发生争议，则应按债权转让合同纠纷确定案由。  

因原合同履行发生纠纷，诉讼当事人多为债权受让人（如果是部分转让也有可能还包括原债权人）与原合同债务人，在债务人对债权人的权利提出抗辩时，可以将债权人列为第三人。而因债权转让合同发生的纠纷，诉讼当事人就是债权人和受让人。对当事人的分析也可以用来帮助确定案由。

债权转让合同纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告人住所地或债权转让合同履行地人民法院管辖。

适用本案由时，应注意债权转让和物权转让的区别。债权转让的对象是合同债权，因此它仅受《合同法》的调整，而物权转让，譬如土地使用权的转让，虽然转让本身是合同关系，但是转让的对象是物权，所以物权转让除了要受合同法调整外，还要受《物权法》的调整。

应当注意并非所有关债权转让的案件都适用本案由，若当事人之间的纠纷是关于原债权债务的履行，则案由应当由原债权债务法律关系来确定，因为那属于原债权债务纠纷。若当事人就债权转让合同的履行产生纠纷，则适用本案由。