因债务转移合同而发生的纠纷，并非是因原法律关系而发生的，自不应按原法律关系确定案由，故《规定》将债务转移合同纠纷作为一个独立的第三级案由。在确定案由时，需要注意区分当事人间发生争议的到底是哪一个法律关系。如果在债务转移合同生效后，因原债权债务关系的履行发生纠纷诉至法院，则案件诉讼标的是原法律关系，即应按原法律关系确定案由。如果债务转移合同生效后，因债务转移合同的履行发生争议，则应按债务转移合同纠纷确定案由。

债务转移合同纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告住所地和债务转移合同履行地人民法院管辖。

适用本案由时，要注意区分其与法定的债务转移之间的不同。债务转移合同纠纷是根据当事人合意，由合同确定的债务转移，而法定的债务转移来源于法律规定，譬如，连带债务人一人清偿全部债务后有权就超过自己应承担部分向其他连带债务人求偿。法定的债务转移在产生的根据、主体范围和权利转让等方面与债务转移合同都有不同，应注意不要混淆。

适用本案由时，注意当事人的纠纷是关于原债权债务的履行还是债务转移合同的履行，若因原债权债务的履行产生纠纷，则根据原债权债务法律关系确定案由，若因债务转移合同的履行发生纠纷，则适用本案由。