与保证合同一样，抵押合同也是主合同的从合同，以主合同的存在为前提，随主合同的消灭而消灭，抵押合同也具有一定独立性，当事人可以单就抵押合同形成诉讼，故《规定》也将之作为一个独立的第三级案由。在确定案由时需要注意，当事人同时就主合同和抵押合同提起诉讼的，应以主合同确定案由，不再列抵押合同纠纷。另，关于抵押合同的性质，理论上有两种观点，一种认为属于物权行为；另一种认为属于债权行为。我国主流观点采债权行为说，抵押合同只是设立抵押权的合同，合同成立并不必然导致抵押权产生，抵押权的产生还得依赖公示登记。因此，确定案由时还需注意抵押合同纠纷与抵押权纠纷的区别，抵押权纠纷是物权纠纷，抵押合同纠纷是债权纠纷，两者不能混同。

抵押合同纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告住所地或抵押合同履行地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与抵押权纠纷的区别。抵押权纠纷是指抵押当事人之间因抵押权的成立、内容、变更、转让、实现、消灭等产生的纠纷。抵押权纠纷是物权纠纷，在当事人就抵押权的设定、内容、变更、转让、实现、消灭等产生纠纷时，应适用抵押权纠纷。而抵押合同纠纷是债权纠纷，当事人因抵押合同产生纠纷的，如抵押合同无效、抵押合同不成立等纠纷，则应当适用本案由。

在适用案由时，若当事人就主合同和抵押合同一并提起诉讼，不适用本案案由，应按主合同性质确定案由。