在2008年《规定》中，与铁路运输有关的民事纠纷作为第一级案由出现，本次《规定》修改则取消了这一第一级案由，而将由铁路运输引发的民事纠纷按照法律关系的不同归入各类案由项下，使案由的划分标准更为统一合理，这是本次案由修改的一个较大变动。其中，“铁路货物运输合同纠纷”、“铁路旅客、行李、包裹运输合同纠纷”、“由铁路法院受理的多式联运合同纠纷”、“国际铁路联运合同纠纷”等几个原第三级案由均并入运输合同纠纷项下，作为第四级案由出现。    

在我国，水上运输主要由国际海上运输、沿海运输、内陆可航水域（内河）运输三部分组成，其中沿海运输和内河运输又被统称为国内水路运输。本案由的水路运输指的即是国内水路运输而不包括国际海上运输。    

本案由中，联合运输与多式联运的区别在于：联合运输只有一种运输方式；责任承担的首要原则是由与托运人订立合同的承运人对全程运输承担责任，但如果明确损失发生在某一运输区段，则由该区段承运人与订立合同的承运人承担连带责任；由于运输方式单一，承运人的赔偿责任和责任限额的适用法律也是单一的。多式联运运输方式多样化，在两种以上；不管多式联运经营人与其他承运人如何约定，均由多式联运经营人对全程运输负责任；其赔偿责任和责任限额因运输区段的不同而适用不同法律。