在实践中，商业秘密合同纠纷主要有：

(1)技术秘密让与合同纠纷，指的是技术秘密权利人将其技术秘密成果让与他人，双方当事人因此签订合同而引发的纠纷。

(2）技术秘密许可使用合同纠纷，指的是技术秘密权利人许可他人使用其技术秘密成果，双方当事人因此签订合同而引发的纠纷。

(3）经营秘密让与合同纠纷，指的是经营秘密权利人将其经营秘密的整体权利让与他人，双方当事人因此签订合同而引发的纠纷。

(4)经营秘密许可使用合同纠纷，指的是经营秘密权利人许可他人使用其经营秘密，双方当事人因此签订合同而引发的纠纷。