l.划清罪与非罪的界限

根据刑法第331条的规定，构成本罪必须是引起传染病菌种、毒种的扩散，并造成了严重后果的行为。因此，如果虽然有违反国务院卫生行政部门的管理规定的行为，但未引起传染病菌种、毒种的扩散，未造成严重后果的，不构成犯罪；如果虽然引起了传染病菌种、毒种的扩散，但尚未引起严重后果的，如由于发现、防治及时，没有引起人员健康受到损害的，也不构成犯罪。按照《立案追诉标准（一）》第50条的规定，从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：(1)导致甲类和按甲类管理的传染病传播的；(2)导致乙类、丙类传染病流行、暴发的；(3)造成人员重伤或者死亡的；(4)严重影响正常的生产、生活秩序的；(5)其他造成严重后果的情形。

   2．划清本罪与危险物品肇事罪的界限

   两者的区别在于：(1)犯罪对象不同。前者的犯罪对象是传染病菌种、毒种；后者的犯罪对象是爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蚀性物品。(2)侵犯的客体不同。前者侵犯的客体是公共卫生秩序，后者侵犯的客体是公共安全。(3)客观方面不同。前者在客观上违反的是国务院卫生行政部门关于传染病菌种、毒种实验、保藏、携带、运输的管理规定，而后者违反的是爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蚀性物品的管理规定；前者的行为发生在传染病菌种、毒种的实验、保藏、携带、运输过程中，后者则发生在生产、储存、运输、使用过程中。