申请中止支付信用证项下款项实质上是信用证纠纷当中的诉前、诉中财产保全程序。根据《民事诉讼法》的规定，诉前财产保全程序由财产所在地的人民法院管辖。根据最高人民法院试《关于涉外民商事案件诉讼管辖若干问题的规定》，申请中止支付信用证项下款项案件应当由国务院批准设立的经济技术开发区人民法院，省会、自治区首府、直辖市所在地的中级人民法院，经济特区、计划单列市中级人民法院，最高人民法院指定的其他中级人民法院，高级人民法院管辖。