1．划清合法行为与非法行为的界限

   渔业法实施细则第19条规定，因科学研究等特殊需要，在禁渔区、禁渔期捕捞，或者使用禁用的渔具、方法捕捞水产品，只要经过省级以上渔业行政主管部门的批准，就是合法行为。

   2．划清罪与非罪的界限

   非法捕捞水产品的行为，如果情节不严重的，则属违法行为，不能以犯罪论处。按照《立案追诉标准（一）》第63条的规定，违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：(1)在内陆水域非法捕捞水产品500公斤以上或者价值5000元以上的，或者在海洋水域非法捕捞水产品2000公斤以上或者价值2万元以上的；(2)非法捕捞有重要经济价值的水生动物苗种、怀卵亲体或者在水产种质资源保护区内捕捞水产品，在内陆水域50公斤以上或者价值500元以上，或者在海洋水域200公斤以上或者价值2000元以上的；(3)在禁渔区内使用禁用的工具或者禁用的方法捕捞的；(4)在禁渔期内使用禁用的工具或者禁用的方法捕捞的；(5)在公海使用禁用渔具从事捕捞作业，造成严量影响的；(6)其他情节严重的情形。

   3．划清本罪与破坏生产经营罪的界限

   本罪的犯罪对象是自然野生的水产品。如果非法捕捞的是他人人工养殖的水产品，则应当依照刑法第276条规定的破坏生产经营罪论处。

   4．本罪属选择性罪名

   按照法律规定，行为人只要违反保护水产资源法规，实施了在禁渔区、禁渔期、使用禁用工具、禁用方法其中一种行为就构成本罪；实施了两种以上的行为，仍为一罪，不实行并罚，量刑时可作参考。