处理申请宣告公民失踪案件的法律依据主要是《民法通则》第2章公民(自然人)中第3节宣告失踪和宣告死亡的相关规定，《民事诉讼法》第15章第3节宣告失踪、宣告死亡案件的相关规定，最高人民法院《关于贯彻执行(中华人民共和国民法通则)若干问题的意见(试行)》第24～28条、第34条以及最高人民法院《关于适用(中华人民共和国民事诉讼法)若干问题的意见》第194—196条的规定。