由于海上，通海水域养殖责任纠纷是对具有养殖、捕捞使用权以及对养殖捕捞设施具有所有权人的使用权及所有权的侵害，因此该类纠纷的管辖法院除了可以由损害发生地海事法院管辖外，还包括加害船舶最先到达地、加害船舶被扣留地、被告住所地及船籍港所在地海事法院。

在确定本案由时，尤其应注意海上、通海水域养殖损害责任纠纷与船舶碰撞损害责任纠纷及船舶损害空中设施、水下设施损害责任纠纷的区别。海上、通海水域养殖损害责任纠纷的客体主要是在一定水域、滩涂合法进行养殖所生产出的水产养殖物及用于养殖、捕捞的设备；而船舶碰撞的客体是船舶及其他海上移动式装置，其中船舶还包括船舶属具；船舶损害空中设施、水下设施的客体是海上、通海水域的水上或水下固定物体。该类被碰触的物体多为特殊用途。

《海商法》并未对海上、通海水域养殖损害责任作出专门规定，但依据该法第169条第2款的规定，互有过失的船舶碰撞造成第三人财产损失的，各船的赔偿责任均不超过其应与承担的比例本款规定应该可以适用于海上、通海水域养殖损害责任的情形。即因船舶碰撞对一定水域具有养殖、捕捞使用权以及对养殖捕捞设施具有所有权人的使用权及所有权造成侵害的情况时，可适用该款规定。