根据《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国海事诉讼特别程序法＞若干问题的解释》和《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的若干规定》的规定，因海上、通海水域货运代理合同纠纷提起的诉讼，由海事法院专门管辖。同时，根据《民事诉讼法》的规定，因海上、通海水域货运代理合同纠纷提起的诉讼，应当由被告住所地或海上、通海水域货运代理合同履行地海事法院管辖。此外，根据《民事诉讼法》第34条的规定，在当事人协议管辖的情形下，应依据当事人的协议为依据确定管辖法院，即由原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地或标的物所在地的海事法院管辖。

在适用本案由时，需要注意的是，海上货运代理纠纷是指与国际海上货物运输有关的货运代理纠纷，即货运代理企业接受进出口货物的发货人或收货人的委托，处理与国际海上货物运输有关的货运代理事务过程中发生的纠纷，并不包括“与沿海、内河货物运输有关的货运代理纠纷”。