申请为失踪人财产变更代管人案件的管辖问题应当根据不同的申请人确定不同的管辖法院。原财产代管人申请变更代管人的，按照特别程序审理，由原作出指定失踪人的财产代管人的法院管辖。根据《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国民事诉讼法＞若干问题的意见》第195条规定，失踪人的其他利害关系人申请变更代管的，人民法院应告知其以原指定的代管人为被告起诉，并按普通程序进行审理。而根据《最高人民法院关于贯彻执行＜中华人民共和国民法通则＞若干问题的意见（试行）》第35条规定，失踪人的财产代管人不履行代管职责或者侵犯失踪人财产权益的，失踪人的利害关系人可以向人民法院请求财产代管人承担民事责任。如果同时申请人民法院变更财产代管人的，变更之诉比照特别程序单独审理：

《最高人民法院关于贯彻执行（中华人民共和国民法通则）若干问题的意见（试行）》与《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国民事诉讼法＞若干问题的意见》规定存在不一致。根据新法优于旧法的适用原则，应当适用《最高人民法院关于适用（中华人民共和国民事诉讼法）若干问题的意见》的规定，其他利害关系人申请变更失踪人的财产代管人的，应当以原财产代管人为被告按照普通程序审理。同时，根据普通程序的管辖原则，应当由被告住所地法院管辖，即应当由原财产代管人的住所地或者经常居住地人民法院管辖。

在确定本案由时，尤其要注意区分其与申请宣告公民失踪案由的关系。申请为失踪人财产指定、变更代管人以宣告公民失踪为前提。