行纪合同纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与委托合同纠纷的区别。虽然行纪合同与委托合同很相似，但两者仍有区别。首先，法律对行纪人有特殊的资质要求，从事行纪业须经批准或许可，而委托合同中的受托人则只需具有民事行为能力即可。其次，行纪合同在行纪人以自己的名义进行活动，如无特别约定，费用也由自己负担，而委托合同中，受托人即可以自己名义，也可以委托人名义活动，费用由委托人负担。再次，行纪合同中委托的事务是贸易活动，相对与委托合同来说是特定的，最后行纪合同是有偿合同，而委托合同则不一定。