补偿贸易纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与国际货物买卖合同纠纷的区别。补偿贸易与一般的国际货物买卖相比有一两个特征，一是补偿贸易以信贷为一前提，二是以设备、技术供应方承诺回购设备进口方的产品或劳务为前提，以上两个前提在补偿贸易中缺一不可。根据此特征可以将补偿贸易与一般的国际货物买卖合同区分开来。