合伙协议纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告住所地或者合伙协议履行地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与合伙企业纠纷的区别。合伙协议纠纷适用于民事合伙，即个人合伙纠纷，而合伙企业纠纷是商事合伙纠纷，即合伙企业这一营利性组织发生  的纠纷。

虽然合伙协议纠纷一般适用于民事合伙，但在特殊情况下，商事合伙发生的纠纷可能适用本案由，譬如，企业法人之间形成共同出资、共同经营，但是不具备法人资格条件  的合伙型联营，如果没有登记和取得营业执照，发生纠纷时，应当适用本案由。