企业兼并合同纠纷系企业在兼并其他企业过程中产生的合同纠纷，依据我国《民事诉讼法》第23条的规定，该类纠纷案件由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

       在适用本案由时，要注意区分企业合并与企业兼并这两个易混淆的概念。企业兼并是企业合并的上位概念，企业合并是企业兼并的一种形式。以收购形式实现对企业控股的属于企业兼并，不同于企业合并，两者主要区别在于：(1)企业控股是企业收购形式，属于企业股东行为；企业合并是企业行为，但需经股东大会决议同意。(2）企业控股不发生被控股企业主体资格的消灭，企业合并导致被吸收企业或者合并各方（新设合并）主体资格消灭。(3）企业控股的法律后果仅为被控股企业股权发生变动，该企业资产和负债不发生转移；企业合井的法律后果是参与合并的企业可不经清算而消灭，消灭的企业资产和负债概括性地转移至存续企业或新设企业。