证券权利确认纠纷案件，适用《民事诉讼法》第21条所规定的一般地域管辖原则，即“对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖、。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖、。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权”。

处理证券权利确认纠纷的法律依据主要是《证券法》，《证券法》没有规定的，适用《公司法》的相关规定。