排除妨害纠纷应当区分不动产和动产确定管辖。根据《民事诉讼法》第33条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。根据《最高人民法院关于军事法院管辖民事案件若干问题的规定》（法释〔2012〕11号）第2条的规定，《民事诉讼法》第33条规定的不动产所在地在营区内，且当事人一方为军人或者军队单位的案件，地方当事人向军事法院提起诉讼或者提出申请的，军事法院应当受理。动产的排除妨害纠纷，应以妨害行为实施地或者妨害行为实施人所在地或住所地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意区分其与返还原物纠纷的关系，在排除妨害纠纷中所有权或他物权人并未丧失对其物的占有；而在返还原物纠纷中，物已为他人无权占有或被他人侵夺占有。

排除妨害主要是金针于对妨碍物权行使的行为或事实状态一而采取的种措施，当物权的行使受到现实或可能的妨害时，物权人均可以请求排除妨害。