消除危险纠纷应当区分不动产和动产确定管辖。根据《民事诉讼法》第33条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。根据《最高人民法院关于军事法院管辖民事案件若干问题的规定》（法释〔2012) 11号）第2条的规定，《民事诉讼法》第33条规定的不动产所在地在营区内，且当事人一方为军人或者军队单位的案件，地方当事人向军事法院提起诉讼或者提出申请的，军事法院应当受理。动产的消除危险纠纷，应以妨害行为实施地或者妨害行为实施人所在地或住所地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与相邻损害防免关系纠纷的关系。相邻损害防免关系纠纷案由主要是在相邻不动产之间相互损害时才能适用，如果纠纷符合相邻损害防免关系纠纷案由的情形，应当优先适用该案由，其他物权遭受危险时的纠纷则可适用本案由。

消除危险纠纷针对的是可能的妨害，现实存在的危险，危险发生后，应当由危险的形成人承担消除危险的责任，因此消除危险的费用应当由危险设施的物权人承担。如果危险虽然已经形成，但没有造成实际的损害，此时有可能遭受损害的人有权请求危险行处人消除危险，但不能请求其承担侵权损害赔偿责任。但如果在形成危险后又造成他人的损害，此时当受害人是物权人的时候，他可以要求其消除危险或者基于侵权行为请求其承担损害赔偿责任。