海域使用权是基于海域发生的纠纷，应由不动产所在地的人民法院专属管辖。因海域使用权转让、抵押、继承、出租等引起的纠纷，区别产生纠纷的基础法律关系依照《民事诉讼法》的相关规定确定管辖。

在适用本案由时，尤其要注意区分其与养殖权纠纷案由的区别。海域使用权设立的内容非常广泛，除了可以从事养殖活动外，还包括从事拆船、旅游娱乐、盐业矿业、公益事业、建设工程等诸多活动；而养殖权的设立目的是利用水域从事水生动植物的养殖，并不需要利用水域之上的空间。

海域使用权具体包括养殖海域使用权纠纷、拆船海域使用权纠纷、盐业海域使用权纠纷、旅游和娱乐海域使用权纠纷、矿业海域使用权纠纷、港口海域使用权纠纷、建设工程海域使用权纠纷及公益事业海域使用权纠纷等。

海域使用权是行政许可的特许物权，只有海域使用权的民事纠纷才可以适用本案由。如果属一于海域使用权审批方面的纠纷，则属于行政纠纷，当事人应当按照行政诉讼起诉。