取水权纠纷一般应由水域所在地人民法院专属管辖。因取水权转让、抵押、继承、出租等引起的纠纷，区别产生纠纷的基础法律关系依照《民事诉讼法》的相关规定确定管辖。

在适用本案由时，尤其要注意区分其与相邻用水纠纷的区别。在取水权非依许可取得的情况下，相邻用水权应当包含取水权；在取水权依据取水许可取得的情况下，相邻用水权不应当包含取水权。

取水权作为特许物权，与探矿权、采矿权有很多相似的地方，在区分行政许叮事项和取水权物权纠纷时要特别注意。