在实践中，水上运输损害责任纠纷主要有：

(1)水上运输人身损害责任纠纷，是指因在水路运输过程中，水上运输的经营者对他人或者其承运的旅客的人身造成损害，依法应当承担民事侵权责任所引发的纠纷。

(2)水上运输财产损害责任纠纷，是指因在水路运输过程中，水上运输的经营者对他人或者其承运的旅客的财产、承运的货物造成损失，依法应当承担民事侵权责任所引发的纠纷。