在实践中，建设用地使用权合同纠纷主要有：

(1)建设用地使用权出让合同纠纷，是指双方当事人就达成的市、县人民政府土地管理部门以土地所有者身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者，土地使用者支付土地使用权出让金的合同产生的纠纷。

(2)建设用地使用权转让合同纠纷，是指双方当事人就达成的建设用地使用人将建设用地使用权转让给受让人，受让人支付价款的合同产生的纠纷。