抵押权一般通过当事人之间签订抵押合同并经依法登记而成立，此类案件的管辖一般应依照抵押合同纠纷的管辖确定管辖法院。对于与第三人之间就抵押权发生的纠纷，可以依据抵押标的物的性质和发生纠纷的基础法律关系来确定管辖。

适用本案由时，要注意区分其项下动产抵押权纠纷和动产浮动抵押权纠纷的不同。一般动产抵押权是固定抵押权，即在设定抵押时抵押物的价值已经确定，以抵押权成立时抵押物设定的抵押。而动产浮动抵押是概括性的以企业的生产设备等动产设定抵押，允许该抵押物的正常流转，该抵押的抵押物是在变化的。

在适用本案由时，要注意区分其与因抵押合同产生的纠纷的不同。抵押合同纠纷是债权纠纷，当事人因抵押合同产生纠纷的，如抵押合同无效、抵押合同不成立等纠纷。而抵押权纠纷是物权纠纷，在当事人就抵押权的设定、内容、变更、转让、实现、消灭等产生纠纷时，则应适用抵押权纠纷。