在实践中，证券上市合同纠纷主要有：

(1)股票上市合同纠纷，是指申请股票上市交易的公司与证券交易所之间因股票上市合同的订立、履行、终止等发生的各种纠纷。股票上市合同是由证券交易所依照法律规定预先制作、具有固定格式、报经主管机关核准的、明确证券交易所与上市公司之间权利义务关系的协议。

(2)公司债券上市合同纠纷，是指申请上市交易的公司与证券交易所之间就签订的上市合同的成立、履行、终止等发生的各种纠纷：公司证券上市条件的核心在于保证公司债券交易的流动性合同偿还能力。