对于植物新品种申请算和植物新品种权属纠纷案件的地域管辖，应当区别权属争议发生的原因即合同关系还是侵权行为，分别确定案件管辖。对于一般民事侵权纠纷案件的管辖，根据《民事诉讼法》第28条的规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖；上述侵权行为地，包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。对与侵害植物新品种权纠纷而言，根据《最高人民法院关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第4条规定，其所称的侵权行为地，是指末经．品种权所有人许可，以商业目的生产、销售该授权植物新品种的繁殖材料的所在地，或者将该授权品种的繁殖材料重复使用生产另一品种的繁殖材料的所在地。

对于侵害植物新品种权属纠纷案件的级别管辖，根据《最高人民法院关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第3条规定，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地和最高人民法院指定的中级人民法院作为第一审人民法院审理。

在适用本案由时，要注意植物新品种权和专利权的区别。两者的不同主有：(1)植物新品种和发明专利之间的本质属性不同。植物新品种不属于发明创造，只是对现有植物的改造。植物新品种是指经过人工培育的或者对发现的野生植物加以开发，具备新颖性、特异性、一致性和稳定性并有适当命名的植物品种。《专利法》上所称的发明创造，是指对产品、方法或者其改进所提出的新的技术方案。发明是可以产生一种全新的产品或者方法的技术方案。植物新品种应当保持不变。植物新品种和发明专利比较，前者是改造，后者是创造；前者是结果，后者是程序；前者保持稳定性，后者追求发展性。（2）植物新品种权和发明专利权的授权条件不同。授予专利权的发明，应当具备新颖性、创造性和实用性。申请品种权的植物新品种，应当具备新颖性、特异性、一致性、稳定性和有适当的命名。两者相比，除对新颖性的衡量标准不同外，主要区别在于：授予专利权的发明要具有创造性和实用性；授予品种权的植物新品种只要求具有特异性，不要求具有创造性和实用性。(3)植物新品种和专利产品的生产方式和后果不同。授权品种的繁殖材料和专利产品，虽然都可生产，但是两者的生产方式和后果不同。专利产品的生产方式是制造；通过制造再现专利产品。制造是生产原先没有的，如用配件制造汽车；制造出的产品与所用原料的性能和形态都不同。这种生产是把一个物品或物质改变成另一个物品或物质，发产生了质的变化。植物新品种的生产方式是繁殖；通过繁殖实现植物新品种的繁衍繁殖是生产原先已有的，如种瓜得瓜、种豆得豆；收获的瓜或豆与种植的瓜或豆之间的特征特性都相同。这种生产只是量的变化，不发生质的变异。