由于著作权自身的特殊性，最高人民法院对著作权民事纠纷案件的管辖作出了特殊规定，即著作权民事纠纷案件的受理必须遵守司法解释关于著作权纠纷案件级别管辖和制定管辖的规定。《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第2条规定：“著作权民事纠纷案件，由中级人民法院管辖。”该条体现的是人民法院的级别管辖，即关于著作权民事纠纷案件的第一审在中级人民法院，第二审在高级人民法院。

由于各种客观因素所致，级别管辖不可能完全适应著作权民事纠纷案件的管辖，《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第2条第2项又指出：“各高级人民法院根据本辖区的实际情况，可以确定若干基层人民法院管辖第一审著作权民事纠纷案件。”此即指定管辖。

在适用本案由时，要注意其与专利权合同纠纷的不同。首先，著作权所保护的是其表达的思想内容的具体形式，而专利权保护的是具有新颖性、独创性、实用性的发明创造；其次，就著作权而言，当今世界上绝大多数的国家的著作权都是伴随着作品的创作完成而自动产生，无需履行任何注册登记手续。而专利权的产生需要经过专利机关的特别授权，经过申请、审查、批准、公告、颁发专利证书等程序才能产生；最后，著作权合同中享有著作权的作品主要涉及文学、艺术领域，而专利权合同中享有专利权的作品主要发生在工业领域，与产品的技术方案息息相关。

《著作权集体管理条例》第19条第l款还明确规定了一类特殊的著作权合同，即著作权集体管理合同。著作权集体管理，是指著作权集体管理组织经权利人授权，集中行使权利人的有关权利并以自己的名义进行的下列活动：(1)与使用者订立著作权或者与著作权有关的权利许可使用合同（以下简称许可使用合同）；(2）向使用者收取使用费；（3）向权利人转付使用费；(4)进行涉及著作权或者与著作权有关的权利的诉讼、仲裁等。此类纠纷案件可直接确定为著作权合同纠纷。