实践中，专利合同纠纷主要有：

(1）专利申请权转让合同纠纷，是指当事人就专利申请权的转让所订立的合同而发生。

(2）专利权转让合同纠纷，是指当事人就专利权的转让所订立的合同而发生的纠纷。

(3)发明专利实施许可合同纠纷，是指当事人就发明专利的实施许可所订立的合同而发生的纠纷。

(4）实用新型专利实施许可合同，是指当事人就实用新型专利权的实施许可所订立的合同而发生的纠纷。

(5）外观设计专利实施许可合同纠纷，是指当事人就外观设计专利权的实施许可所订立的合同而发生的纠纷。

(6)专利代理合同纠纷，是指专利申请人委派具有专利代理人资格的在专利局正式授权的代理机构中工作的人员，作为委托代理人，办理专利申请或者办理其他专利事务所订立的合同而发生的纠纷。