在实践中，植物新品种合同纠纷主要有：

（1）植物新品种育种合同纠纷，是指当事人之间就人工培育或者对发现的野生植物加以开发，培育新的植物品种达成的协议所引发的纠纷

(2）植物新品种申请权转让合同纠纷，是指当事人之间就植物新品种的申请权转移给另外一方所有而达成的协议所引发的纠纷。

(3)植物新品种权转让合同纠纷，是指当事人之间约定就植物新品种权转移给另外一方所有而达成的协议所引发的纠纷。

(4)植物新品种实施许可合同纠纷，是指品种权人许可他人在一定的时间和地域范围内以商业目的生产或者销售授权品种的繁殖材料达成的协议所引发的纠纷。