根据《最高人民法院关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第3条的规定，该解释第1条所列第（1)至（5）类案件，即是否应当授予植物新品种权纠纷案件；宣告授予的植物新品种权无效或者维持植物新品种权的纠纷案件；予品种权的植物新品种更名的纠纷案件；实施强制许可的纠纷案件；实施强制许可使用费的纠纷案件，由北京市第二中级人民法院作为第一审人民法院审理；此为最高人民法院对植物新品种合同纠纷的级别管辖规定。该解释第1条第（6）至（l1)类案件，即植物新品种申请权纠纷案件；植物新品种权权利归属纠纷案件；转让植物新品种申请权和转让植物新品种权的纠纷案件；侵犯植物新品种权的纠纷案件；不服省级以下农业、林业行政管理部门依据职权对侵犯植物新品种权处罚的纠纷案件；不服县级以上农业、林业行政管理部门依据职权对假冒授权品种处罚的纠纷案件，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地和最高人民法院指定的中级人民法院作为第一审人民法院审理，此为最高人民法院对植物新品种合同纠纷的指定管辖。

在适用本案由时，要注意区分两个四级案由植物新品种申请权转让合同纠纷和植物新品种权转让合同纠纷的不同。植物新品种申请权转让合同纠纷是因当事人之间就植物新品种的申请权转移给另外一方所有而达成的协议所引发的纠纷，其标的是植物新种的申请权；而植物新品种权转让合同纠纷是指当事人之间约定就植物新品种权转移给另外一方所有而达成的协议所引发的纠纷，其标的是植物新品种权，是工业产权的一种类型,是指完成育种的单位或个人对其授权的品种依法享有的排他使用权。而植物新品种培育完成后，必须由完成植物新品种的单位或个人或其受让人向国家主管部门申请，经主管部门审查和批准后，才能取得植物新品种权。即对植物新品种的申请是取得植物新品种权的条件。

《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》中，对技术成果的内涵进行了界定，明确技术成果包括植物新品种。

植物新品种合同是植物新品种培育、生产、销售和推广中最典型而且也是最基本的法律形式。所以，《规定》将植物新品种合同纠纷列为第三级案由《植物新品种保护条例》对委托育种和合作育种、申请权和品种权的转让、植物新品种许可使用等作出了规定，《规定》也列举了相应的4个第四级案由。最高人民法院《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第1条规定了人民法院受理的植物新品种纠纷案件的类型，涉及本《规定》案由的是第（8）项转让植物新品种申请权和转计植物新品种权的纠纷案件。  

实践中，还存在一种植物新品种代理合同植物新品种代理合同是委托人与植物新品种代理机构就办理植物新品种申请或者办理其他植物新品种事务达成的协议对于植物新品种代理合同纠纷，《规定》未作出具体列举，但参照专利和商标代理合同纠纷的案由归类，也应当作为植物新品种合同纠纷受理。  

对因职务育种完成人奖励报酬纠纷和育种完成人署名权、荣誉权奖励纠纷，按照案由确定规则并参照有关专利纠纷案由，应当确定为植物新品种权权属纠纷。  

最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》中，对技术成果的内涵进行了界定，明确技术成果包括植物新品种为保证植物新品种这种技术成果的合同纠纷准确适用法律，根据《合同法》第1 2 3条对“其他法律列名合同”和第124条对“无名合同”的规定，并考虑涉及植物新品种的立法现状，该《解释》第46条规定“……植物新品种许可使用和转让等合同争议，相关行政法规另有规定的，适用其规定；没有规定的，适用合同法总则的规定，并可以参照合同法第十八章和本解释的有关规定处理。”