鉴于侵犯布图设计专有权纠纷案件多涉及技术性问题，专业性强，法律问题复杂，考虑到案件数量、审判力量的配置和方便人民群众诉讼等因素，《关于开展涉及集成电路布图设计案件审判工作的通知》对管辖问题，参照了专利法司法解释关于法院管辖的相关规定，将此类案件相对集中审理。鉴于涉及布图设计行政案件的被告国务院知识产权行政部门（即国家知识产权局）位于北京市，特别是布图设计纠纷案件数量不会太多，不宜分散审理，通知规定第（5）至（10) 类的涉及布图设计行政案件由北京市第一中级人民法院作为第一审人民法院管辖。

此外，根据《关于开展涉及集成电路布图设计案件审判工作的通知》的规定，布图设计纠纷第一审案件，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地、经济特区所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院管辖。受理第一审布图设计计纠纷案件的中级人民法院共有43个：省、自治区、直辖市人民政府所在地的34个中级人民法院（包括北京、上海、天津市的一、二中级人民法院）；深圳、珠海、汕头、厦门4个经济特区中级人民法院。

在适用本案由时，要注意区分集成电路布图设计专有权转让合同纠纷与专利权转让合同纠纷的不同。集成电路布图设计专有权并不能够适用专利法予以保护，因为集成电路布图设计实质上是一种图形设计，但并非是一种工业品外观设计。布图设计并不取决于集成电路的外观，而决定于集成电路中具有电子功能的每一元件的实际位置；布图设计尽管需要专家的大量劳动，但设计方案不会有多大改变，其设计的主旨在于提高集成度、节约材料、降低能耗，因此不具备创造性的专门要求。因此，集成电路布图设计专有权与专利权其实还是有很大的差别。