商业秘密合同纠纷本质上属于合同纠纷，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反《民事诉讼法》对级别管辖和专属管辖的规定。但由于商业秘密的特殊性，此类案件的受理应遵守最高人民法院关于知识产权案件的指定管辖和级别管辖的规定，原则上由中级人民法院管辖或者高级人民法院指定的基层人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意区分其四级案由之间的区别，即技术秘密让与合同纠纷和经营秘密让与合同纠纷与技术秘密许可使用合同纠纷和经营秘密许可使用合同纠纷之间的区别。技术秘密让与合同和经营秘密让与合同均涉及商业秘密整体权利的让与（即俗语所称买断或者卖断），即商业秘密的所有人发生转移。技术秘密许可使用合同和经营秘密许可使用合同中，商业秘密的所有人并不发生转移，而是商业秘密的所有人和经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人之间就商业秘密许可使用内容所订立的合同。