特许经营合同纠纷本质上属于合同纠纷，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反《民事诉讼法》及有关司法解释关于级别管辖和专属管辖的规定。

在适用本案由时，要注意其与商标使用合同纠纷的区别。特许经营行为中，特许权是包括商标、商号、经营模式、服务标志、专利、商业秘密、经营诀窍等权利的知识产权性质的综合性使用权，其包括但不限于商标使用许可的行为。依照我国《商标法》及其实施细则的规定，商标注册人许可他人使用其注册商标后，许可人与被许可人必须签订“商标使用许可合同”，其合同副本必须报商标局备案。同时《商业特许经营管理办法》中也规定，特许经营合同必须在签汀之日起15日内向国家商务主管部门备案。因此，在特许经营实务操作过程中，双方要分别签订《商标使用许可合同》和《特许经营合同》，但我们在判断案由上要从整体的法律关系性质考虑，如果一个行为只涉及单纯的商标使用许可，那定“商标使用许可纠纷”无疑，但如果许可的是组合的经营资源，如商标、专利、经营模式等，那么，也应认定为“特许经营合同纠纷”。