特殊标志合同纠纷本质上属于合同纠纷，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反《民事诉讼法》及有关司法解释关于级别管辖和专属管辖的规定。

在适用本案由时，要注意其与商标合同纠纷的区分。特殊标记合同纠纷与商标合同纠纷同属于第三级案由。特殊标志登记申请、使用和保护的形式，特殊标志的组成要素等都与注册商标有非常类似的共同点，从某种角度上说，特殊标志是特殊类型的商标。国家工商行政管理局商标局也同样主管全国性特殊标志的管理工作。特殊标志与商标的主要不同表现为：

( 1 )权利所有人的对象不同。特殊标志的权利所有人是指经国务院批准举办的全国性和国际性的文化体育、科学研究及其他社会公益活动的组织者或筹备者。注册商标的权利所有人是商品的生产者或经营者。

(2）使用的目的不同。特殊标志的使用目的是将所募集的资金，用于特殊标志所服务的社会公益事业，取之于民，用之于民。注册商标的使用目的是商品的生产者或经营者为了出售自己的商品，为了盈利，并区别于其他商品生产者或经营者的商品，吸引消费者。

(3）使用及保护的范围内不同。特殊标志可以使用在与其公益活动相关的所有商品或服务项目上。注册商标限定使用在核定使用的商品项目上，并在该范围内受到保护。

(4)时效性不同。特殊标志的有效期为4年。需要延长期限的，由国务院工商行政管理局商标局根据实际情况和需要决定。注册商标的有效期为10年。期满后可以续展注册，每次续展注册的有效期为10年，而且可以无限期地重复续展。

特殊标志的所有人是法定的，实践中一般不会发生特殊标志所有人的变更问题，因此儿乎不会有特殊标志转让合同，大量的是特殊标志许可使用合同：特殊标志许可使用合同是指特殊标志所有人就经国务院工商行政管理部门核准登记的特殊标志许可他人在国务院工商行政管理部门核准使用该标志的商品或者服务项目上使用该标志所订立的合同。

《规定》末列举特殊标志许可使用合同纠纷为第四级案由，有关纠纷直接按照第三级案由确定。