《刑事诉讼法》第166条规定：“人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。”为提高办案质量，人民检察院由其侦查部门、公诉部门分别负责案件的侦查和审查起诉工作，实行内部制约。根据最高检《规则》的规定，人民检察院侦查部门侦查终结的案件应分别按照以下程序进行

   (一)提出起诉意见并移送公诉部门审查

   经过侦查，认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的案件，侦查人员应当写}{{侦查终结报告，并且制作起诉意见书，然后报送侦查部门负责人审核、检察长批准。经检察长批准提出起诉意见的，侦查部门应当将起诉意见书，查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人的财物及其孳息、文件清单以及对查封、扣押、冻结的涉案款物的处理意见和其他案卷材料，一并移送公诉部门审查。国家或者集体财产遭受损失的，在提出提起公诉意见的同时，可以提出提起附带民事诉讼的意见。

   (二)提出不起诉意见并移送公诉部门审查

   经过侦查，认为犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件．侦查人员应当写出侦查终结报告，并且制作不起诉意见书，然后报送侦查部门负责人审核、检察长批准。经检察长批准提出不起诉意见的，侦查部门应当将不起诉意见书，查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人的财物及其孳息、文件清单以及对查封、扣押、冻结的涉案款物的处理意见和其他案卷材料，一并移送公诉部门审查。

   (三)提出撤销案件意见并报请检察长或检察委员会决定

   在侦查过程中或侦查终结后，发现具有下列情形之一的，侦查部门应当制作拟撤销案件意见书，报请检察长或者检察委员会决定：(1)具有《刑事诉讼法》第15条规定情形之一的；(2)没有犯罪事实的，或者依照《刑法》规定不负刑事责任或者不是犯罪的；(3)虽有犯罪事实，但不是犯罪嫌疑人所为的。对于共同犯罪的案件，如有符合上述情形的犯罪嫌疑人，应当撤销对该犯罪嫌疑人的立案。

   检察长或者检察委员会决定撤销案件的，侦查部门应当将撤销案件意见书连同本案全部案卷材料，在法定期限届满7日前报上一级人民检察院审查；重大、复杂案件在法定期限届满10 日前报上一级人民检察院审查。对于共同犯罪案件，应当将处理同案犯罪嫌疑人的有关法律文书以及案件事实、证据材料复印件等，一并报送上一级人民检察院。

   上一级人民检察院侦查部门应当刈’案件事实、证据和适用法律进行全面审查，必要时可以讯问犯罪嫌疑人。上一级人民检察院侦查部门经审查后，应当提出是否同意撤销案件的意见，报请检察长或者检察委员会决定。

   人民检察院决定撤销案件的，应当告知控告人、举报人，听取其意见并记明笔录。撤销案件的决定，应当分别送达犯罪嫌疑人所在单位和犯罪嫌疑人。犯罪嫌疑人死亡的，应当送达犯罪嫌疑人原所在单位。如果犯罪嫌疑人在押，应当制作决定释放通知书，通知公安机关依法释放。

   人民检察院直接受理立案侦查的案件，对犯罪嫌疑人没有采取取保候审、监视居住、拘留或者逮捕措施的，侦查部门应当在立案后2年以内提出移送审查起诉、移送审查不起诉或者撤销案件的意见；对犯罪嫌疑人采取上述强制措施的，侦查部门应当在解除或者撤销强制措施后1年内提出移送审查起诉、移送审查不起诉或者撤销案件的意见。