犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序的启动，需要由检察机关向人民法院提出没收违法所得的申请。我国没收程序是比照普通程序设计的，即同样要经过相关机关侦查、检察机关起诉和法院审理等阶段。这种设计一方面可以在很大程度上防止没收程序被滥用，保证公民的合法财产权不被非法侵犯，另一方面也可以使得没收程序的庭审合理化。因此，公安机关不能直接向法院提出没收申请，而是应当向检察机关提出没收违法所得意见书，由检察机关决定是否向人民法院提出没收违法所得的申请。
(一)没收违法所得意见书的提出
如果是公安机关侦查的案件，对于符合没收违法所得条件的，经县级以上公安机关负责人批准，可以提出没收违法所得意见书，连同相关证据材料一并移送同级人民检察院。没收违法所得意见书应当包括：(1)犯罪嫌疑人的基本情况；(2)犯罪事实和相关的证据材料；(3)犯罪嫌疑人逃匿、被通缉或者死亡的情况；(4)犯罪嫌疑人的违法所得及其他涉案财产的种类、数量、所在地；(5)查封、扣押、冻结的情况等。在犯罪嫌疑人死亡的情况下，如果现有证据证明其存在违法所得及其他涉案财产应当予以没收的，公安机关可以进行调查。公安机关进行调查，可以依法进行查封、扣押、查询、冻结。
如果是人民检察院直接受理立案侦查的案件，犯罪嫌疑人逃匿或者犯罪嫌疑人死亡而撤销案件，符合《刑事诉讼法》第280条第1款规定的条件的，侦查部门应当启动违法所得没收程序进行调查，调查内容包括：查明犯罪嫌疑人涉嫌的犯罪事实；犯罪嫌疑人逃匿、被通缉或者死亡的情况；犯罪嫌疑人的违法所得及其他涉案财产的情况：侦查机关可以对违法所得及其他涉案财产依法进行查封、扣押、查询、冻结。经调查认为符合条件的，侦查部门应当写出没收违法所得意见书，连同案卷材料一并移送有管辖权的人民检察院侦查部门，并由有管辖权的人民检察院的侦查部门移送本院公诉部门。
人民检察院发现公安机关应当启动违法所得没收程序而不启动的，可以要求公安机关在7日以内书面说明不启动的理由。经审查，认为公安机关不启动理由不能成立的，应当通知公安机关启动程序。
公安机关将没收违法所得意见书移送人民检察院后，在逃的犯罪嫌疑人自动投案或者被抓获的，公安机关应当及时通知同级人民检察院。
人民检察院在收到公安机关或其侦查部门提出的没收违法所得意见书后，应当由公诉部门对其进行审查。具体审查内容包括：(1)是否属于本院管辖；(2)是否符合《刑事诉讼法》第280条第l款规定的条件；(3)犯罪嫌疑人身份状况，包括姓名、性别、国籍、出生年月日、职业和单位等；(4)犯罪嫌疑人涉嫌犯罪的情况；(5)犯罪嫌疑人逃匿、被通缉或者死亡的情况；(6)违法所得及其他涉案财产的种类、数量，所在地，以及查封、扣押、冻结的情况；(7)与犯罪事实、违法所得相关的证据材料是否随案移送，不宜移送的证据的清单、复制件、照片或者其他证明文件是否随案移送；(8)证据是否确实、充分；(9)相关利害关系人的情况。
人民检察院应当在接到公安机关或侦查部门移送的没收违法所得意见书后30日以内作出是否提出没收违法所得申请的决定。30日以内不能作出决定的，经检察长批准，可以延长15日。经人民检察院审查后，认为不符合适用违法所得没收程序的条件的，应当作出不提出没收违法所得申请的决定，并向公安机关或人民检察院侦查部门书面说明理由；认为需要补充证据的，应当书面要求公安机关或人民检察院侦查部门补充证据，必要时也可以自行调查。公安机关或人民检察院侦查部门补充证据的时间不计人人民检察院办案期限。人民检察院发
现公安机关在违法所得没收程序的调查活动中有违法情形的，应当向公安机关提出纠正意见。
在审查公安机关移送的没收违法所得意见书的过程中，在逃的犯罪嫌疑人、被告人自动投案或者被抓获的，人民检察院应当中止审查，并将案卷退回公安机关处理。
(二)没收违法所得申请的提出
除受理审查公安机关和检察机关侦查部门提出的没收违法所得意见书，并决定是否提出没收违法所得申请以外，检察机关也可自行启动违法所得没收程序，直接向法院提出没收违法所得的申请。在人民检察院审查起诉过程中，犯罪嫌疑人死亡，或者贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件的犯罪嫌疑人逃匿，在通缉一年后不能到案，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以直接提出没收违法所得的申请。人民法院在审理案件过程中，被告人死亡而裁定中止审理，或者被告人脱逃而裁定中止审理，人民检察院可以依法另行向人民法院提出没收违法所得的申请。
另外，检察机关向法院提出没收违法所得的申请，还应当提供相关证据材料，并列明财产的种类、数量、所在地及查封、扣押、冻结的情况，并附有相关证据材料。没收违法所得申请书主要内容包括：犯罪嫌疑人、被告人的基本情况，包括姓名、性别、出生年月日、出生地、户籍地、身份证号码、民族、文化程度、职业、工作单位及职务、住址等；案南及案件来源；犯罪嫌疑人、被告人的犯罪事实；犯罪嫌疑人、被告人逃匿、被通缉或者死亡的情况；犯罪嫌疑人、被告人的违法所得及其他涉案财产的种类、数量、所在地及查封、扣押、冻结的情况玎巳罪嫌疑人、被告人近亲属和其他利害关系人的姓名、住址、联系方式及其要求等情况；提出没收违法所得申请的理由和法律依据。
没收违法所得的申请，应当南与有管辖权的中级人民法院相对应的人民检察院提出，法院应在7日内审查完毕并作出处理：对于不属于本院管辖的，应当退回人民检察院；对于材料不全的，也应当通知人民检察院在3日内补送；对于属于违法所得没收程序受案范围和本院管辖。且材料齐全的．应当受理。若人民检察院尚未查封、扣押、冻结申请没收的财产．或者查封、扣押、冻结期限即将届满，涉案财产有被隐匿、转移或者毁损、灭失危险，人民法院可以查封、扣押、冻结申请没收的财产。