强制医疗程序虽然不同于普通刑事程序，其目的不是解决被告人的刑事责任问题，而是解决实施暴力行为的精神病人的强制看管和医疗的问题，但是，仍然关乎相关人员人身自由的限制和剥夺。因此，为了防止公民的人身自由受到非法侵犯，将强制医疗程序纳入刑事诉讼范畴，并在绝大多数情形下，适用诉讼原则和制度，由中立的第三方——人民法院作出决定是必要的。另外，如前所述，适用强制医疗措施的前提条件是认定有关人员“实施了暴力行为，危害公共安全或者严重危害公民人身安全”，即在客观方面达到“犯罪程度”，并且由于无辨认能力和控制能力导致“不负刑事责任”。对这两个关键、重要的事实也应当由中立的第三方按照诉讼程序，在充分保障相关当事人参与权的情形下作出最终的认定，而不能由公安机关或者其他行政机关以行政方式单独作出决定。从其他国家立法例考察，如法国、德国、俄罗斯、意大利等国家均由法院按照诉讼程序决定对相关人员是否采取强制医疗措施。具体而言，在我国，对人民检察院提出的强制医疗申请，人民法院应当在7日内审查完毕并作出处理：对于不属于本院管辖的，应当退回人民检察院；对于材料不全的，应当通知人民检察院在3日内补送；对于属于强制医疗程序受案范围和本院管辖，且材料齐全的，应当受理。人民法院决定强制医疗的，应当在作H：决定后5日内，向公安机关送达强制医疗决定书和强制医疗执行通知书，由公安机关将被决定强制医疗的人送交强制医疗。

   人民检察院认为人民法院作出的强制医疗决定或者驳回强制医疗申请的决定不当，应当在收到决定书副本后20日以内向人民法院提出书面纠正意见。