1．划清罪与非罪的界限

  “致使国家利益遭受重大损失”，是区分本罪与一般违法行为的重要标准。行为人在动植物检疫工作中虽有失职行为，致使国家利益遭受损失，但尚未达到“重大”的程度，属于一般违法行为，不构成犯罪。《渎职侵权立案标准》在“一、渎职犯罪案件（二十七）动植物检疫失职案”中规定：涉嫌下列情形之一的，应予立案：(1)导致疫情发生，造成人员重伤或者死亡的；(2)导致重大疫情发生、传播或者流行的；(3)造成个人财产直接经济损失15万元以上，或者直接经济损失不满15万元，但间接经济损失75万元以上的；(4)造成公共财产或者法人、其他组织财产直接经济损失30万元以上，或者直接经济损失不满30万元，但间接经济损失150万元以上的；(5)不检疫或者延误检疫出证、错误出证，引起国际经济贸易纠纷，严重影响国家对外经贸关系，或者严重损害国家声誉的；(6)其他致使国家利益遭受重大损失的情形。在最高人民法院出台相关司法解释前，审判实践中把握本罪的罪与非罪的界限时，上述立案标准可以作为参考。

   2．划清本罪与动植物检疫徇私舞弊罪的界限

   二者的区别在于：(1)主观方面的内容不同。前者只能由过失构成，后者则由故意构成。(2)犯罪形态不同。前者是结果犯，客观上必须具有“致使国家利益遭受重大损失”的结果才成立犯罪；后者则是行为犯，只要伪造了检疫结果，即构成犯罪。徇私舞弊而故意错误出证的，可构成刑法第413条第1款规定的动植物检疫徇私舞弊罪；不是出于徇私动机的，可构成其他故意犯罪。