对于确认不侵害知识产权纠纷案件的地域管辖，近年来最高人民法院已经通过一些个案批复明确，确认不侵权诉讼在性质上属于侵权类纠纷，但系独立的诉讼，不因对方当事人另行提起侵权诉讼而被吸收。因此，对这类案件应当按照侵权纠纷来确定管辖。根据《民事诉讼法》第28条的规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖；上述侵权行为地，根据最高人民法院《关于适用＜中华人民共和国民事诉讼法＞若干问题的意见》第28条的规定，包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。

对于确认不侵害知识产权纠纷案件的级别管辖，虽然目前并无明确的法律和司法解释规定，但作为一类知识产权案件，应当由中级以上人民法院和经最高人民法院批准具有知识产权案件管辖权的基层人民法院管辖。对于涉及具体知识产权类型的案件，还应当适用有关同类权利案件的管辖规则。如确认不侵害专利权纠纷，还应当适用专利纠纷案件的管辖规则。

最高人民法院通过个案批复明确，对于法院间因管辖发生的争议，包括因同一法律事实或者同一法律关系产生的确认不侵权诉讼、侵权诉讼和诉前临时措施案件，有关法院要及时依法协商或者报请共同上级法院指定，按照受理在先的原则确定管辖，并将在后受理案件依法移送合并审理。