对于侵害商业秘密纠纷案件的地域管辖，应当按照一般侵权案件确定管辖，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为地，包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。对于该类案件的级别管辖，根据《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第18条的规定，一般由中级人民法院管辖，经最高人民法院批准的基层人民法院也可以受理。

在适用本案由时，要注意其与侵害专利权纠纷的区别。商业秘密与专利权相比，有以下不同点：(1)非公开性，商业秘密的前提是不为公众所知悉，而专利权是要求公开的。（2）非排他性，商业秘密是一项相对的权利。商业秘密的专有性不是绝对的，不具有排他性。如果其他人以合法方式取得了同一内容的商业秘密，他们就和第一个人有着同样的地位。商业秘密的拥有者既不能阻止在他之前已经开发掌握该信息的人使用、转让该信息，也不能阻止在他之后开发掌握该信息的人使用、转让该信息。而专利权不同，专利权人对其专利享有绝对专有的权利，未经许可，他人不得使用其专利，若是经合法程序转让，那么前专利权人就不再拥有专利，也不得使用。(3）期限保护，商业秘密的保护期不是法定的，取决于权利人的保密措施和其他人对此项秘密的公开。而专利权的保护期限是有严格的法律限制的，一项技术秘密可能由于权利人保密措施得力和技术本身的应用价值而延续很长时间，远远超过专利技术受保护的期限。